GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| BTM7009 | BALIK GENETİĞİNDE BİYOİNFORMATİK | Ders | 1 | 1 | 6.00 |
Dersin Seviyesi
Doktora
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
[DersinAmaci]
Öğrenciler temel biyoinformatik veri bankalarından DNA, RNA ve protein düzeyinde verilerin bulunması, toplanması ve analizi, analiz sonuçlarının değerlendirilmesi ve filo genetiğin temeli konularında pratik ve teorik yeteneğini geliştirecektir.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi / Görevlileri
Prof. Dr. Yılmaz ÇİFTCİ
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Biyoinformatiğin tanımı ve kullanım alanlarını bilir |
| 2 | İnternet tabanlı gen bankalarından yararlanma ile bilgisayar destekli gen ve genomik dizi analizlerlerini - Primer, Oligo dizileri düzenleme gibi konuları bilir |
| 3 | |
| 4 |
Öğrenim Türü
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Biyoinformatiğin ana alanlarına genel giriş, biyoinformatik veri tabanları, DNA ve protein sekansları, protein yapısı, biyoinformatik de kullanılan en yaygın bilgisayar programları ile teorik ve pratik veri analizi ve soy ağaçlarının oluşturulması
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Teorik | Uygulama | Laboratuvar |
|---|---|---|---|
| 1 | Biyoinformatiğin tanımı ve tarihçesi | ||
| 2 | Sekans verilerinin toplanması ve saklanması | ||
| 3 | Sekans formatları | ||
| 4 | Sekans çiftlerinin hizalanması | ||
| 5 | BLAST | ||
| 6 | Veri tabanlarının tanıtımı ve kullanımı | ||
| 7 | Çoklu sekans hizalama | ||
| 8 | Ara sınav | ||
| 9 | Gen bankasına sekans girme | ||
| 10 | Benzer sekanslar için veri tabanının araştırılması | ||
| 11 | Filogenetik tahmin | ||
| 12 | Maksimum parsimoni metodu | ||
| 13 | Maksimum parsimoni metodu | ||
| 14 | Genetik uzaklık metodu | ||
| 15 | Maksimum olasılık yaklaşımı | ||
| 16 | Dönem sonu sınavı |
Ders Kitabı Malzemesi Önerilen Kaynaklar
1 Çiftci, Y. Ders Notları (basılmamış) 2 Mount, D W. (2000) Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. 1th edition. Cold Spring Harbor Laboratory Press
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 3 | 3 |
| Final Sınavı | 1 | 3 | 3 |
| Derse Katılım | 14 | 3 | 42 |
| Rapor Hazırlama | 2 | 24 | 48 |
| Bireysel Çalışma | 1 | 20 | 20 |
| Ödev Problemleri için Bireysel Çalışma | 1 | 20 | 20 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 20 | 20 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 24 | 24 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 180 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| [PC] 1 | [PC] 2 | [PC] 3 | [PC] 4 | [PC] 5 | [PC] 6 | [PC] 7 | [PC] 8 | [PC] 9 | [PC] 10 | [PC] 11 | [PC] 12 | |
| [OC] 1 | 4 | 4 | 3 | 4 | 5 | 4 | 3 | 4 | 3 | 4 | 5 | 3 |
| [OC] 2 | 4 | 4 | 5 | 5 | 5 | 4 | 3 | 4 | 3 | 4 | 5 | 3 |
| [OC] 3 | ||||||||||||
| [OC] 4 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek