GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| MBG6121-25 | GENOM MADENCİLİĞİ | Ders | 1 | 1 | 6.00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
[DersinAmaci]
Bu dersin amacı; genom madenciliği ile ilgili temel kavramlar hakkında ileri düzeyde bilgi verilmesi, genomik verinin özellikleri ve kalite kontrol analizleri, gen anotasyonu, filogenetik yaklaşımlar, metagenomik verinin analizi, sekonder metabolit, antibiyotik direnç ve virülans genlerinin analizleri, genom madenciliğinde makine öğrenmesi uygulamaları hakkında bilgi aktarılmasıdır.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi / Görevlileri
Dr. Öğr. Üyesi Şafak KALINDAMAR
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Genom madenciliğini konu alan güncel genomiks çalışmaları ve analiz araçlarını kavrayacak bilgi ve beceriye sahip olur. |
| 2 | Genomik verilerden genom madenciliği için uygun veri ve madencilik yöntemlerini tanımlar ve seçer. |
| 3 | Genom madenciliği yaklaşımı ile elde ettiği analiz sonuçlarını değerlendirme yetisine sahip olur. |
Öğrenim Türü
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Bu derste; genomik veri ve kalite analizleri, gen anotasyonu, genom madenciliği uygulamaları ile sekonder metabolit, antibiyotik direnç ve virülans genlerinin analizleri, genom madenciliğinde makine öğrenmesi konuları işlenecektir.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Teorik | Uygulama | Laboratuvar |
|---|---|---|---|
| 1 | Genom madenciliğinde temel kavramlar | ||
| 2 | Genomik veri | ||
| 3 | Genomik veri ön inceleme | ||
| 4 | Genomik veri kalite analizleri | ||
| 5 | Gen anotasyonu | ||
| 6 | Gen ailesi kümelenmeleri | ||
| 7 | Genom madenciliğinde filogenetik yaklaşımlar | ||
| 8 | Ara sınav | ||
| 9 | Fonksiyonel genom madenciliği | ||
| 10 | Sekonder metabolit madenciliği | ||
| 11 | Metagenomik veriden genom madenciliği | ||
| 12 | Antibiyotik direnç gen madenciliği | ||
| 13 | Virülans gen madenciliği | ||
| 14 | Genom madenciliğinde makine öğrenmesi | ||
| 15 | Final sınavı |
Ders Kitabı Malzemesi Önerilen Kaynaklar
Genome Mining and Marine Microbial Natural Products, Mdpi AG, 2020.
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Yok
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 1 | 1 |
| Final Sınavı | 1 | 1 | 1 |
| Derse Katılım | 15 | 3 | 45 |
| Bireysel Çalışma | 15 | 3 | 45 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 15 | 3 | 45 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 15 | 3 | 45 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 182 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| [PC] 1 | [PC] 2 | [PC] 3 | [PC] 4 | [PC] 5 | [PC] 6 | [PC] 7 | [PC] 8 | [PC] 9 | |
| [OC] 1 | 2 | 3 | 3 | 2 | 2 | 2 | 2 | 3 | |
| [OC] 2 | 3 | 3 | 2 | 3 | 3 | 3 | 3 | 2 | 2 |
| [OC] 3 | 3 | 2 | 2 | 3 | 2 | 2 | 2 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek