GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| MBG6120-25 | BAKTERİYEL BİYOİNFORMATİK | Ders | 1 | 1 | 6.00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
[DersinAmaci]
Bu dersin amacı, DNA dizileme teknolojileri ile elde edilen bakteriyel genomların biyoinformatik araçlar kullanılarak detaylı olarak analiz edilmesidir. Bu amaca yönelik olarak, bakteriyel genomların gen anotasyonunun yapılması, pan-genom ve core-genom, filogenetik, bakteriyel patojenite, mobil elementler ve antibiyotik direnç genlerinin analizlerinin yapılması hedeflenmektedir.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi / Görevlileri
Dr. Öğr. Üyesi Şafak KALINDAMAR
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Bakteriyel genomların yapısını ve çeşitliliğini kavrayacak bilgi ve beceriye sahip olur. |
| 2 | Biyoinformatik araçları genom verileri üzerinde etkin olarak kullanır. |
| 3 | Güncel genom analiz metotlarını ve veri tabanlarını etkin olarak kullanacak bilgiye sahip olur. |
Öğrenim Türü
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Bu derste; biyoinformatik analiz araçları, bakteriyel genom yapısı, DNA dizileme veri kalitesini değerlendirme, de novo ve referans tabanlı genom birleştirme, gen anotasyonu, pan-genom ve core-genom analizi, filogenetik analizler, antibiyotik direnç genlerinin ve virülans faktörlerinin analizleri, mobil genetik elementler (plazmid, transpozon, integron) ve CRISPR-Cas sistemlerinin biyoinformatik analizi işlenecektir.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Teorik | Uygulama | Laboratuvar |
|---|---|---|---|
| 1 | Biyoinformatiğe giriş ve temel kavramlar | ||
| 2 | Biyoinformatik analiz araçları | ||
| 3 | Genom veri tabanları | ||
| 4 | Bakteriyel genomların yapısı | ||
| 5 | DNA dizi kalitesi kontrolü | ||
| 6 | Genom birleştirilmesi | ||
| 7 | Genom anotasyonu | ||
| 8 | Ara sınav | ||
| 9 | Pan-genom ve core-genom analizleri | ||
| 10 | Filogenetik analizler | ||
| 11 | Mobil genetik elementlerin analizi | ||
| 12 | Antibiyotik direnç genlerinin analizi | ||
| 13 | Virülans faktörlerinin analizi | ||
| 14 | CRISPR-Cas sistemlerinin analizi | ||
| 15 | Final sınavı |
Ders Kitabı Malzemesi Önerilen Kaynaklar
Bioinformatics and Functional Genomics, Jonathan Pevsner, 3th Edition, Wiley-Blackwell, 2015.
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Yok
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 1 | 1 |
| Final Sınavı | 1 | 1 | 1 |
| Derse Katılım | 15 | 3 | 45 |
| Bireysel Çalışma | 15 | 3 | 45 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 15 | 3 | 45 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 15 | 3 | 45 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 182 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| [PC] 1 | [PC] 2 | [PC] 3 | [PC] 4 | [PC] 5 | [PC] 6 | [PC] 7 | [PC] 8 | [PC] 9 | |
| [OC] 1 | 3 | 3 | 2 | 3 | 3 | 3 | 2 | 2 | |
| [OC] 2 | 2 | 2 | 3 | 2 | 3 | 3 | 3 | ||
| [OC] 3 | 2 | 2 | 3 | 3 | 3 | 2 | 2 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek