GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| MBG6118-25 | METAGENOMİKS | Ders | 1 | 1 | 6.00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
[DersinAmaci]
Bu dersin amacı, metagenomikste temel kavramların anlaşılması, metagenomiks çalışmalarında örnekleme ve DNA izolasyonu, DNA dizileme teknolojileri, üretilen ham verinin kalite kontrolü ve birleştirilmesi, taksonomik analizleri, mikrobiyota, shotgun metagenomiks ve metatranskriptomiks analizlerinin yapılması hedeflenmektedir.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi / Görevlileri
Dr. Öğr. Üyesi Şafak KALINDAMAR
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Metagenomiksin temel kavramlarını kavrayacak bilgi ve beceriye sahip olur. |
| 2 | Metagenomikste kullanılan biyoinformatik araçları metagenom verileri üzerinde etkin olarak kullanır. |
| 3 | Metagenom verileri ile istatiksel analizler ve görselleştirme yapabilecek bilgiye sahip olur. |
Öğrenim Türü
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Bu derste, metagenomikste örnekleme, DNA izolasyonu, DNA dizileme teknolojileri, üretilen verinin kalite kontrolü ve birleştirilmesi, taksonomik analizleri, mikrobiyota analizleri, shotgun metagenomiks ve metatranskriptomiks ile istatiksel analizler işlenecektir.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Teorik | Uygulama | Laboratuvar |
|---|---|---|---|
| 1 | Metagenomikste temel kavramlar | ||
| 2 | Örnekleme ve ön hazırlıklar | ||
| 3 | DNA izolasyonu | ||
| 4 | DNA dizileme teknolojileri | ||
| 5 | Ham veri kalite kontrolü | ||
| 6 | Veri birleştirilmesi | ||
| 7 | Taksonomik analizler | ||
| 8 | Ara sınav | ||
| 9 | Mikrobiyota | ||
| 10 | Shotgun metagenomiks | ||
| 11 | Shotgun metatranskriptomiks | ||
| 12 | Fonksiyonel metagenomiks | ||
| 13 | Metagenomikste istatiksel analizler | ||
| 14 | Metagenomiks verilerinin görselleştirilmesi | ||
| 15 | Final sınavı |
Ders Kitabı Malzemesi Önerilen Kaynaklar
Metagenomics: Perspectives, Methods, and Applications, Muniyandi Nagarajan, 1st Edition, Academic Press, 2017.
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Yok
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 1 | 1 |
| Final Sınavı | 1 | 1 | 1 |
| Derse Katılım | 15 | 1 | 15 |
| Bireysel Çalışma | 15 | 3 | 45 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 15 | 3 | 45 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 15 | 4 | 60 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 167 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| [PC] 1 | [PC] 2 | [PC] 3 | [PC] 4 | [PC] 5 | [PC] 6 | [PC] 7 | [PC] 8 | [PC] 9 | |
| [OC] 1 | 1 | 3 | 3 | 3 | 3 | ||||
| [OC] 2 | 3 | 2 | 3 | 3 | |||||
| [OC] 3 | 2 | 2 | 3 | 3 | 3 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek