GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| MBG6109-24 | BAKTERİYEL FİLOGENİ | Ders | 1 | 1 | 6.00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
[DersinAmaci]
Öğrencilere bakterilerde kladistik (Filogenetik Sistematik) analizin esaslarını öğretmek
Dersi Veren Öğretim Görevlisi / Görevlileri
Bölüm öğretim üyeleri
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Öğrencilere bakteriolojide filogenetik sistematiğin esaslarını öğretmek |
Öğrenim Türü
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
yok
Dersin İçeriği
Sistematiğe giriş, Filogenetik Sistematik, Evrimsel Sistematik ve Fenetik, Bakteriyal sistematikte kullanılan moleküler verilerin tipleri ve analiz yöntemleri, Bakteri sistematiği hakkında genel bilgiler.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Teorik | Uygulama | Laboratuvar |
|---|---|---|---|
| 1 | Bakteriyel sistematiğe giriş | ||
| 2 | Bakteriyolojide filogenetik, filogenetik sistematik, evrimsel sistematik ve fenetik | ||
| 3 | BLAST analizi | ||
| 4 | DNA verilerinin çoklu hizalanması | ||
| 5 | Filogenetik ağaç oluşturmada kullanılan programlar | ||
| 6 | Filogenetik Ağaç Oluşturma Metotları-Mesafe Temelli Yöntemler | ||
| 7 | Filogenetik Ağaç Oluşturma Metotları-Karakter Temelli Yöntemler | ||
| 8 | Vize sınavı | ||
| 9 | 16S rRNA gen bölgesi temelli filogenetik ağaçlar | ||
| 10 | MLST Analizi temelli filogenetik ağaçlar | ||
| 11 | Filogenetik ağaç oluşturma uygulamaları | ||
| 12 | Bakteriyolojide tür tanımlamasında kullanılan komite raporları | ||
| 13 | Alt tür ve genomik türlerde filogenetik çalışmalar | ||
| 14 | Bakteri sistematiğinde genomik verilerin yeri | ||
| 15 | Bakteri sistematiğinde genomik verilerin yeri | ||
| 16 | Final sınavı |
Ders Kitabı Malzemesi Önerilen Kaynaklar
Barry G. Hall (2004) Phylogenetic trees made easy A how to manual second edition Nakano, Y., Domon, Y., & Yamagishi, K. (2023). Phylogenetic trees of closely related bacterial species and subspecies based on frequencies of short nucleotide sequences. Plos one, 18(4), e0268847. Stackebrandt, E., Frederiksen, W., Garrity, G. M., Grimont, P. A., Kämpfer, P., Maiden, M. C., ... & Whitman, W. B. (2002). Report of the ad hoc committee for the re-evaluation of the species definition in bacteriology. International journal of systematic and evolutionary microbiology, 52(3), 1043-1047. Tindall, B. J., De Vos, P., & Trüper, H. G. (2008). Judicial Commission of the International Committee on Systematics of Prokaryotes; XIth International (IUMS) Congress of Bacteriology and Applied Microbiology: Minutes of the meetings, 23, 24 and 27 July 2005, San Francisco, CA, USA. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, 58(7), 1737-1745. Tindall, B. J., Rosselló-Móra, R., Busse, H. J., Ludwig, W., & Kämpfer, P. (2010). Notes on the characterization of prokaryote strains for taxonomic purposes. International journal of systematic and evolutionary microbiology, 60(1), 249-266.
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Problem Çözümü | 13 | 4 | 52 |
| Makale Kritik Etme | 13 | 4 | 52 |
| Ödev Problemleri için Bireysel Çalışma | 9 | 4 | 36 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 7 | 3 | 21 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 8 | 3 | 24 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 185 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| [PC] 1 | [PC] 2 | [PC] 3 | [PC] 4 | [PC] 5 | [PC] 6 | [PC] 7 | [PC] 8 | |
| [OC] 1 | 3 | 2 | 4 | 5 | 4 | 3 | 4 | 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek