GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| MBG6106-23 | BİLGİSAYAR TEMELLİ BİYOİNFORMATİK UYGULAMALAR | Ders | 1 | 1 | 6.00 |
Dersin Seviyesi
Yüksek Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
[DersinAmaci]
Bu dersin amacı; Günümüzde moleküler biyolojide kullanılan ileri teknikleri ve kavramları öğretmektir. Böylece lisansüstü öğrenciler hem çalışmalarında karşılaşabilecekleri problemlere yeni bir bakış açısı geliştirebilecek hem de bilgisayar tabanlı biyoenformatik uygulamaları hakkında bilgi sahibi olabileceklerdir.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi / Görevlileri
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Moleküler verileri ve veri tabanlarını tanır ve moleküler verileri paylaşabilir. |
| 2 | Moleküler biyolojide yaygın olarak kullanılan biyoenformatik programlarını bilir ve bunların işlevlerini amaçları doğrultusunda uygular. |
| 3 | Canlılar arasındaki filogenetik ilişkileri bilir ve biyoenformatiğe dayalı filogenetik ağaçlar oluşturur. |
Öğrenim Türü
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Bilgisayar Tabanlı Biyoenformatik Uygulamaları dersi kapsamında, moleküler biyolojide sıkça kullanılan biyoenformatik programlarının kullanımı ve bazı uygulamaları, moleküler veriler, moleküler veri tabanları, moleküler veri tabanlarından veri indirme ve yükleme, DNA ve RNA dizi analizi, düzenleme, hizalama, karşılaştırma, çoklu dizi hizalaması, protein veri analizi, BLAST uygulamaları, filogenetik ağaç tipleri ve uygulamaları, grup içi ve gruplar arası karşılaştırmalar ve uygulamaları ele alınmaktadır.
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Teorik | Uygulama | Laboratuvar |
|---|---|---|---|
| 1 | Moleküler veriler ve veritabanları | ||
| 2 | DNA ve RNA dizileri | ||
| 3 | Dizi analizi - Uygulama-1 | ||
| 4 | Dizi analizi - Uygulama-2 | ||
| 5 | Dizi hizalaması ve desenleri | ||
| 6 | Çoklu Dizi hizalaması ve desenleri | ||
| 7 | Dizi analizi - Uygulama-3 | ||
| 8 | Vize sınavı | ||
| 9 | NCBI Kullanımı ve BLAST - Uygulama-1 | ||
| 10 | NCBI Kullanımı ve BLAST - Uygulama-2 | ||
| 11 | Protein Veri Analizleri | ||
| 12 | Filogenetik Ağaç İnşa Yöntemleri ve Programları - Uygulama-1 | ||
| 13 | Filogenetik Ağaç İnşa Yöntemleri ve Programları - Uygulama-2 | ||
| 14 | Grup içi ve Gruplar arası Karşılaştırmalar - Uygulama-1 | ||
| 15 | Grup içi ve Gruplar arası Karşılaştırmalar - Uygulama-2 | ||
| 16 | Final sınavı |
Ders Kitabı Malzemesi Önerilen Kaynaklar
Applied Bioinformatics. Selzer, P.M., Marhofer, R.J., Koch, O. Palme Publishing, 2019 Essential Bioinformatics. Jin Xiong. Cambridge University Press, 2006. Bioinformatics Fundamentals and Applications. Baloglu, M.C. Pegem A Publishing, 2020 Ulusal ve uluslararası makaleler ve internet kaynakları
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Derse Katılım | 16 | 3 | 48 |
| Tartışma | 8 | 5 | 40 |
| Soru-Yanıt | 8 | 5 | 40 |
| Takım/Grup Çalışması | 8 | 5 | 40 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 5 | 5 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 5 | 5 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 182 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| [PC] 1 | [PC] 2 | [PC] 3 | [PC] 4 | [PC] 5 | [PC] 6 | [PC] 7 | [PC] 8 | |
| [OC] 1 | 4 | |||||||
| [OC] 2 | 5 | |||||||
| [OC] 3 | 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek