GERİ DÖN
Ders Öğretim Planı
| Dersin Kodu | Dersin Adı | Dersin Türü | Yıl | Yarıyıl | AKTS |
|---|---|---|---|---|---|
| SEÇ4412022139 | MOLEKÜLER BİYOLOJİDE WEB UYGULAMALARI | Seçmeli Ders Grubu | 4 | 7 | 3.00 |
Dersin Seviyesi
Lisans
Dersin Sunulduğu Dil
Türkçe
[DersinAmaci]
Bu dersin ana amacı; öğrencilerin prokaryotik ve ökaryotik canlılara ait moleküler verilerin moleküler biyolojide web tabanlı uygulama ve algoritmalar kullanılarak işlenmesinin öğretilmesi hedeflenmektedir.
Dersi Veren Öğretim Görevlisi / Görevlileri
Doç. Dr. Serdar YEDİER
Öğrenme Çıktıları
| 1 | Öğrenciler Biyolojik veri tabanlarını protein ve genom dizi bilgilerine erişim amacıyla kullanabilir. |
| 2 | Moleküler dosya biçimlerini tanır ve bunları düzenleyebilir |
| 3 | Öğrenciler Moleküler veri tabanlarındaki BLAST algoritmasını kullanarak sekans dizilerini sıralayabilir. |
| 4 | Farklı canlı gruplarına ait genom dizilerini karşılaştırabilir. |
Öğrenim Türü
Birinci Öğretim
Dersin Ön Koşulu Olan Dersler
Yok
Ders İçin Önerilen Diğer Hususlar
Yok
Dersin İçeriği
Moleküler biyolojide kullanılabilecek web uygulamalarını öğrenmek, web uygulamaları aracılığıyla çeşitli analizler yapmak, genomik dizi ve protein verilerinin incelenmesi
Haftalık Ayrıntılı Ders İçeriği
| Hafta | Teorik | Uygulama | Laboratuvar |
|---|---|---|---|
| 1 | Moleküler diziler | ||
| 2 | Moleküler dizilerin dosya formatları ve çevirme | ||
| 3 | Biyolojik Veri tabanları ve Dizilere Erişim | ||
| 4 | Protein Veri Bankası (PDB) | ||
| 5 | Benchling Veri Tabanı | ||
| 6 | Genbank Veri Tabanı | ||
| 7 | BOLD Veri tabanı | ||
| 8 | Ara sınav | ||
| 9 | Genbank Veri tabanı- BLAST Algoritması ve Uygulamaları (Prokaryot) | ||
| 10 | Genbank Veri tabanı- BLAST Algoritması ve Uygulamaları (Ökaryot-Bitkiler) | ||
| 11 | Genbank Veri tabanı- BLAST Algoritması ve Uygulamaları (Ökaryot-Hayvanlar) | ||
| 12 | BOLD Veri tabanı- BLAST Algoritması ve Uygulamaları (Prokaryot) | ||
| 13 | BOLD Veri tabanı- BLAST Algoritması ve Uygulamaları (Ökaryot-Bitkiler) | ||
| 14 | BOLD Veri tabanı- BLAST Algoritması ve Uygulamaları (Ökaryot-Hayvanlar) | ||
| 15 | Veri tabanlarının genel değerlendirmesi ve karşılaştırılması | ||
| 16 | Dönem sonu sınavı |
Ders Kitabı Malzemesi Önerilen Kaynaklar
Yedier, S., 2021. Moleküler Biyolojide Web Uygulamaları ders notları. Claudia Plant, Christian Bohm (Eds), 2010. Database Technology for Life Sciences and Medicine, World Scientific Publishing Company, 390 p. Gerda Cristal Villalba and Ursula Matte, 2021. Fantastic databases and where to find them: Web applications for researchers in a rush. Genet. Mol. Biol. Vol. 44(2), 1-10.
Planlanan Öğrenme Aktiviteleri ve Metodları
Değerlendirme
| Yarıyıl (Yıl) İçi Etkinlikleri | 40 | |
| Yarıyıl (Yıl) Sonu Etkinlikleri | 60 | |
Staj Durumu
Yok
İş Yükü Hesaplaması
| Etkinlikler | Sayısı | Süresi (saat) | Toplam İş Yükü (saat) |
|---|---|---|---|
| Ara Sınav | 1 | 2 | 2 |
| Final Sınavı | 1 | 2 | 2 |
| Derse Katılım | 16 | 2 | 32 |
| Uygulama/Pratik | 8 | 2 | 16 |
| Tartışma | 5 | 2 | 10 |
| Soru-Yanıt | 5 | 3 | 15 |
| Takım/Grup Çalışması | 5 | 2 | 10 |
| Ara Sınav İçin Bireysel Çalışma | 1 | 3 | 3 |
| Final Sınavı içiin Bireysel Çalışma | 1 | 3 | 3 |
| Toplam İş Yükü (saat) | 93 | ||
Program ve Öğrenme Çıktıları İlişkisi
| [PC] 1 | [PC] 2 | [PC] 3 | [PC] 4 | [PC] 5 | [PC] 6 | [PC] 7 | [PC] 8 | [PC] 9 | [PC] 10 | [PC] 11 | [PC] 12 | [PC] 13 | [PC] 14 | [PC] 15 | [PC] 16 | [PC] 17 | [PC] 18 | [PC] 19 | [PC] 20 | [PC] 21 | |
| [OC] 1 | 5 | 4 | |||||||||||||||||||
| [OC] 2 | 4 | 5 | |||||||||||||||||||
| [OC] 3 | 5 | 4 | |||||||||||||||||||
| [OC] 4 | 4 | 5 |
* Katkı Düzeyi : 1 Çok düşük 2 Düşük 3 Orta 4 Yüksek 5 Çok yüksek